根据深圳市相关政策法规及最新处理实践，深圳小产权房历史遗留违法建筑的处理办法主要遵循以下框架：

一、处理依据与原则

1. 核心法规：依据2009年《深圳市人民代表大会常务委员会关于农村城市化历史遗留违法建筑的处理决定》，将小产权房纳入历史遗留违法建筑范畴，通过分类处理实现规范化管理。

2. 基本原则：坚持“宽严适度、分类处理”，对原村民自建住宅、非农建设用地红线内建筑等情形予以从宽处理，而对占用基本农田、生态红线等违法建筑坚决拆除或没收。

二、处理流程与标准

1. 全面普查与登记  

   - 政府对全市违法建筑进行普查，建立台账和数据库，记录建设时间、用途、面积等关键信息。  

   - 要求业主在6个月内申报，逾期未申报的将依法拆除或没收。

2. 分类处理方式  

   - 确认产权：符合规划且未占用基本农田的建筑，可补缴地价后登记为非商品性质房地产，部分符合条件的可转为商品性质。  

     - 补缴标准：原村民自建住宅按基准地价25%-50%补缴，商业类建筑按市场价补缴。  

   - 拆除或没收：占用基本农田、一级水源保护区等情形的建筑依法拆除或没收。  

   - 临时使用：对暂时无法拆除的建筑，允许在补缴费用后临时使用。

3. 安全隐患排查  

   - 区政府需对建筑结构、消防、地质灾害等安全隐患进行排查，整改合格后方可继续使用。

三、特殊情形处理

1. 人才房联动：部分已确权的小产权房可纳入人才房体系，以较低租金或售价定向供应人才家庭。  

2. 城市更新项目：纳入更新范围的建筑可通过补缴地价转为“新型产业用房”或“保障性租赁住房”。

四、风险提示

1. 法律风险：小产权房仍无法办理《不动产权证书》，交易不受法律保护，拆迁时可能无法获得补偿。  

2. 流动性限制：仅限特定人群（如人才）购买或租赁，二手市场交易受限。

五、最新动态（截至2025年3月）

- 深圳计划新增10个历史遗留建筑确权片区，覆盖龙华、宝安等区域，符合条件的建筑可通过补缴地价转为合法住房。  

- 2025年将全面推行燃气装置拆除，进一步规范建筑安全。

建议关注深圳市住建局发布的“已确权历史遗留建筑名单”，优先选择配套完善、纳入政府更新计划的项目。